Pendidikan tinggi di Indonesia dihadapkan dengan tantangan dilema yang kompleks dan terstruktur yang cukup sungkar, adanya dualisme otoritas antara Kementrian Pendidikan Tinggi, Riset, dan Teknologi (Kemendikti) yang menekankan pendekatan rasional dan ilmiah dalam mengelola Universitasnya dengan Kementrian Agama (Kemenag) yang terfokus pada institusi berbasis keagamaan dengan pendekatan yang lebih normatif dan spiritual. Perbedaan ini tidak hanya tentang administratif, tetapi juga merefleksikan ketegangan filosofis antara sains dan iman, antara logika dan dogma.
Dualisme ini mulai mengakar dari masa kolonial Belanda, Ketika Pendidikan sekuler diperkenalkan dan berjalan berdampingan dengan sistem pendidikan islam tradisional. Setelah masa kemerdekaan, sistem ini masih dipertahankan, dengan Pendidikan keagamaan dikelola oleh Kementrian Agama (Kemenag) dan Pendidikan umum dikelola oleh Kementrian Pendidikan Tinggi, Riset, dan Teknologi berjalan beriringan namun seringkali tidak sejalan dan memiliki tujuan yag berbeda. Hal ini menyebabkan ketimpangan realitas, kampus umum sering lebih dianggap lebih “modern” sedangkan kampus keagamaan kerap dipandang lebih konservatif dan ketinggalan zaman.
Dampaknya sangat terasa dan nyata, lulusan kampus keagamaan seringkali kesulitan mendapat pengakuan kompetensi di dunia kerja yang lebih mengutamakan keterampilan teknis dan rasonalitas. Sedangkan sebaliknya, kampus umum kadangkala minim wawasan etika dan moral karena kurangnya penguatan nilai-nilai spiritual dalam pendidikannya. Dari sini munculah sebuah dilema “apakah sains dan agama tetap akan dibiarkan berjalan sendiri-sendiri, ataukah perlu untuk menyatukan?”.
Iksan Kamil Sahri menekankan pentingnya integrasi antara ilmu pengetahuan dan nilai-nilai keagamaan. Dalam gagasan Islamisasi Ilmu oleh Ismail Raji al-Faruqi, ilmu tidak seharusnya netral nilai, justru ia harus dibingkai dalam moralitas dan etika yang kuat. Agar manusia dapat cerdas secara intelektual dan juga bijak dalam spiritual.
Masa depan Pendidikan Indonesia harus didobrak dengan langkah yang berani untuk dapat keluar dari belenggu jebakan dualisme ini. Salah satu jalan yang dapat ditemput adalah kolaborasi antar kementrian untuk dapat berintegrasi merancang kurikulum Pendidikan yang satu tujuan. Karena ilmu agama dan ilmu umum bukanlah kutub yang bersebrangan juga bertentangan satu sama lain, tatapi kedua saling melengkapi. Seperti yang sudah diamanatkan dalam pembukaan UUD 1945 alinea keempat “mencerdaskan kehidupan bangsa” bukan mencari ilmu agama atau ilmu umum yang lebih baik tapi bagaimana keduanya dapat beriringan dengan tujuan yang sama untuk bangsa Indonesia.